El edificio fue construido entre los años 1770 y 1780, la casa colonial fue habitada por el capitán José Engracia García de Francia, nombrado administrador de tabacos en Yaguarón por la corona española. El militar era padre del Doctor José Gaspar Rodríguez de Francia, quien de niño acostumbraba pasar sus vacaciones en el pueblo ubicado a 48 km de la ciudad de Asunción, capital de la República del Paraguay. El día 17 de mayo de 1968, el edificio quedó inaugurado como museo histórico, bajo la administración de la Comisión Nacional del Museo de la Casa de la Independencia. En el año 1984 el Museo, pasó a depender del Ministerio de Educación y Cultura.